Mùa 2 mở rộng quy mô từ Metropolis ra toàn thiên hà. Clark tiếp tục tìm hiểu về Krypton trong khi mối đe dọa lớn nhất xuất hiện: Brainiac, AI cổ đại của Krypton. Đồng thời, Kara Zor-El (Supergirl) được giới thiệu và ban đầu là tay sai của Brainiac. Lois và Clark chính thức trở thành một cặp đôi, nhưng phải đối mặt với nhiều thử thách khi Clark ngày càng khám phá nguồn gốc thật của mình.